En el Período de la Conquista, se inicia el sistema de las Encomiendas, que consistía en dar a los españoles tierras indígenas para ser administradas en nombre de la Corona. Los indígenas, por su parte, debían pagar impuestos y trabajar para los encomenderos. De los tributos recaudados por el encomendero, éste tenía el deber de dar a la Corona la quinta parte. Además, debía ocuparse del adoctrinamiento de los nativos en la fe católica y proveer alimento a los esclavos. De esta manera, las tierras que pertenecían a los pueblos originarios fueron arrebatadas, pasando a manos de españoles destacados en la Conquista y, más tarde, a las de criollos reconocidos (Quiroga, 2014).

Con el objetivo de lograr que los indígenas vivieran bajo la ley de Dios y por el “bien común”, éstos fueron reagrupados, formando los pueblos de indios (Quiroga, 2014). Los caciques, por su parte, fueron reconocidos como autoridades locales, pero debían incorporarse a la nueva estructura del poder colonial español (Gamboa, 2013). Los europeos dejaron muy pocas tierras para los indígenas, razón por la cual se crean figuras como los Resguardos y los Cabildos, cuyo fin es el reconocimiento del derecho a la propiedad privada, concepto que no existía en el Nuevo Mundo (Instituto Colombiano de Cultura Hispánica, 2001). Sin embargo, hoy por hoy, los territorios indígenas, no sólo de la Sabana de Bogotá, sino a nivel nacional, están siendo amenazados por la minería y la expansión urbana y agrícola como consecuencia de la explosión demográfica de los últimos años a nivel mundial.

Según el ministerio del Interior (2013), los cabildos indígenas son entidades públicas especiales, cuyos integrantes son miembros de una comunidad indígena, elegidos y reconocidos por ésta, con una organización sociopolítica tradicional, cuya función es representar legalmente a la comunidad, ejercer la autoridad y realizar las actividades que le atribuyen las leyes, sus usos, costumbres y el reglamento interno de cada comunidad.

En 1968, los muiscas de Sesquilé pierden el título de Resguardo. Pero luego, en 1997, don Carlos Mamanché, después de importantes correrías como soldado por el Putumayo, crea el Cabildo Indígena de Sesquilé, con el fin de unir a la comunidad y recuperar la identidad y las tradiciones, herencia de los pobladores originarios de la Sabana de Bogotá. Para ello, se realizaron muchas visitas a lugares sagrados como la Laguna de Guatavita, la Chorrera y el Cerro de las Tres Viejas, recorriendo los senderos tradicionales con el fin de reconocer el territorio y apropiarse de la cultura y la tradición muisca (Delgado I. F., 2014). Actualmente esta comunidad se encuentra en el proceso de recuperación del muiscubun (idioma tradicional de esta comunidad) y el conocimiento ancestral de las plantas.