Es de gran importancia comprender que, como plantea Gamboa, la cultura muisca no era uniforme en todo el Altiplano Cundiboyasence, como afirmaban los españoles en sus crónicas, sino más bien un complejo social que involucraba muchas poblaciones y perspectivas del universo mezcladas en un sistema político que permitía a los caciques ejercer poder sobre las personas  (Gamboa, 2013). Razón por la cual es común encontrar importantes diferencias en los rituales funerarios, formas de entierro y el ajuar que acompañaba al difunto (Cristancho, 2014).

El tipo de tumbas y el ajuar funerario de los muiscas representaba el estatus del difunto. Así pues, en varios casos se ha encontrado que algunos personajes eran enterrados con sus mujeres y sirvientes más cercanos, quienes eran adormecidos y emborrachados con chicha para no sufrir las angustias de la muerte (Cristancho, 2014). Se han encontrado además dentro de las tumbas muiscas una gran variedad de elementos como ollas de barro con asas, agujas de hueso y elementos para el hilado del algodón, (Cristancho, 2014). En la cultura muisca existía la momificación de las personas de mayor relevancia y jerarquía en la sociedad como los caciques y jeques, quienes eran enterrados en cuevas con un ajuar especial, envueltos en mantas muy finas y acompañados de su sequito (Pueblos Originarios, s.f.).

Por otro lado, existen evidencias de que los muiscas hacían rituales con sacrificios humanos como ofrendas para su dios Xue, el Sol, que consistían en el enterramiento de personas vivas o mutiladas, e incluso decapitadas. Muestra de ello son los restos de una mujer que había sido desmembrada y decapitada encontrados en el cementerio muisca descubierto recientemente en la localidad de Usme (Cristancho, 2014). Entre los muiscas existían dos tipos de sacrificios humanos: El de los Mojas y el de los Gavias (Rueda, 1990).

Los Mojas eran niños entre 8 y 10 años sacrificados antes de que tuvieran su primera relación sexual, aproximadamente a los 16 años. Los infantes eran tratados de manera muy especial, no podían tocar el piso, atribuyéndoles un carácter sagrado y mágico-religioso. El ritual era llevado a cabo por el Jeque en una cumbre de un cerro cercano, el cuerpo del infante se desmembraba y se dispersaba por peñas y cumbres para que el sol se apaciguara, trayendo tiempos de lluvia y, por lo tanto, de siembra (Rueda, 1990).

En cuanto a los Gavia, éstos eran usualmente prisioneros de las batallas mantenidas con los Panches, al suroeste del territorio del Zipa. A diferencia de los Mojas, en estos rituales, a los jóvenes guerreros capturados se les sacaban los ojos y se les sometía a diferentes ultrajes y vejámenes hasta que morían. Luego, eran sacados del pueblo, sus cadáveres eran enterrados y su sangre dispersada por las peñas y cumbres de los alrededores. En ambos casos se creía que el elegido para el sacrificio era consumido por el sol (Rueda, 1990).

El cementerio indígena de Guatavita consiste en un complejo funerario de 5 tumbas de roca tipo dolmen. tristemente la zona fue saqueada por guaqueros e intervenida por vándalos con pinturas y grafitis, todas las tumbas están apuntando hacia el oriente. Es probable que, en este lugar, debido a la complejidad de los entierros, fueran sepultados importantes personalidades de la sociedad muisca.