Antes de la llegada de los españoles a la Sabana de Bogotá, los muiscas mantenían diferentes conflictos territoriales a nivel interno y externo. Uno de esos enfrentamientos bélicos tuvo lugar en Chocontá tras el intento de invasión por parte del Zipa, aguerrido guerrero, a los territorios del Zaque. Durante la batalla, conocida como la Batalla de Chocontá, ambos gobernantes pierden la vida y son recibidos en sus respectivos territorios como héroes. Como era costumbre entre los indígenas sus tronos fueron heredados por sus sobrinos, hijos primogénitos de sus hermanas, quienes continúan los enfrentamientos que duraron tres generaciones de Zipas (Langebaek C. H., 2005).

Finalmente, la victoria es obtenida por las tropas del Zipa de Bacatá, quienes ocupan inmediatamente las tierras conquistadas haciendo más grande y poderoso al Zipa. A la llegada de los europeos, los sucesores de los tronos se encontraban luchando en el vecino pueblo de Turmequé, conflicto que fue resuelto por la entrada de los españoles y sus violentas formas de conquista, pues los muiscas se vieron obligados a unirse para contrarrestar los poderosos ataques de los extranjeros (Langebaek C. H., 2005).

El 9 de junio de 1537, día de Pentecostés, el Padre Fray Domingo de las Casas celebró la primera misa y bautizó el asentamiento con el nombre de Pueblo del Espíritu Santo. Sin embargo, su fundación se llevó a cabo el 6 de septiembre de 1538 frente al pueblo actual y, en 1563, se fundó nuevamente por orden del oidor Tomas López. Finalmente, en 1573, Chocontá fue trasladado al lugar en el que se encuentra actualmente.

El 9 de agosto de 1819, luego del triunfo obtenido en la Batalla de Boyacá, y la liberación de nuestra República, llegó a Chocontá el Libertador Simón Bolívar, quedándose a descansar donde hoy es la Casa de la Cultura. Luego, en 1854, Chocontá fue sede presidencial, y el 21 de abril de ese mismo año la Casa Cural fue escenario de la proclamación de Tomás Herrera como presidente de la República de Colombia.