La construcción del Conjunto Doctrinero de Sutatausa se inició en 1594, por orden del licenciado Miguel Ibarra, comisionado por la Real Audiencia para facilitar la evangelización de los indígenas de la zona. Según sus indicaciones, esta nueva iglesia debía ser construida en ladrillo, tapias, madera y tejas con una sola nave y capillas laterales a la misma altura del presbiterio. De igual forma, la iglesia debía contar con cuatro capillas posas y una casa cural. No obstante, en la visita hecha por el visitador Luis Henríquez en 1660, éste se encontró con una pequeña iglesia en bareque y techo de paja ya que los ornamentos eran trasladados a Tausa cada 3 meses con el fin de celebrar el culto en ese pueblo. Así pues, Henríquez demandó al encomendero por incumplimiento (Reina, 2008).

Como respuesta a la demanda, el encomendero Gonzalo de León se defendió diciendo que la construcción del templo se había demorado pues la tierra usada para hacer las tapias era traída de otra región ya que la del lugar no servía para este fin, y añadió además que en la región no existían hornos para cocer la teja de barro para la cubierta. Sin embargo, sus argumentos no fueron suficientemente fuertes para evitar el fallo a favor de Henríquez y la condena de construir desde cero la iglesia en Bobotá, repartiendo sus costos con el encomendero de Cucunubá y Bobotá. Aún no existen evidencias de que la iglesia hubiese sido trasladada, por el contrario, todo apunta a que se construyó en el mismo lugar en el que ya se encontraba, pero nunca fue visitada ni por los indígenas de Bobotá ni los de Cucunubá que se encontraban en franca resistencia (Reina, 2008).

Durante procesos de restauración en la década de los noventa, se descubre una pieza pictórica que ha sido catalogada, junto a los pictogramas, como la evidencia más importante de la presencia muisca en la época de la Colonia. Se trata de un mural de influencia barroca en la que se encuentra plasmada una mujer con un rosario entre las manos, ataviada con una manta y una estola decorada cuidadosamente con diseños propios del arte indígena. A esta mujer actualmente se le conoce con el nombre de la Cacica y permite evidenciar los sincretismos culturales ocurridos luego del adoctrinamiento en la cultura muisca. Es de resaltar que la iglesia de Sutatausa cuenta con una gran cantidad de frescos en sus paredes.

Hoy, en un rincón oscuro de la iglesia, reposa aún un potro de tortura en el que los indígenas eran sometidos para convertirlos a la religión católica. Los maltratos a las comunidades indígenas que poblaron el territorio americano se volvieron comunes luego de que el rey de España declarara la guerra a los indígenas por oponerse a ser convertidos al catolicismo y por resistirse a adoptar la cultura de los europeos.  Actualmente, la iglesia principal se emplea para ceremonias y eventos de importancia municipal como las procesiones del Corpus Christi, y ha sido declarada Monumento Nacional.