La hidrografía del municipio se caracteriza por el paso del Río Blanco, que nace a 3.650 metros sobre el nivel del mar, en la Laguna de Buitrago, en el Parque Nacional Natural Chingaza, tributario del río Negro, el cual desemboca en el río Guayuriba y luego en el río Meta, hasta verter finalmente sus aguas en el río Orinoco.

El lugar en donde actualmente se encuentra el municipio de Choachí fue habitado en épocas precolombinas por los muiscas quienes, según Fray Pedro Simón, le dieron el nombre de Chiguachí. Mucho antes de la llegada de los españoles a la orilla occidental del Río Blanco, existían dos poblaciones indígenas: Tuche y Chiguachí. La primera estaba ubicada en la parte nororiental del actual casco urbano, y la segunda donde hoy se levanta la cabecera municipal.

Los colonizadores llegaron a la región hacia 1563, veintisiete años después del arribo de los españoles al Altiplano. Con la entrada de los forasteros Juan de Avellaneda, Francisco Lorenzo y Antonio Bermúdez, soldados de Gonzalo Jiménez de Quesada, se funda el actual pueblo de Choachí. Bermúdez fue enviado como encomendero a las famosas tierras del Cacique de Ubaque, correspondiéndole la parte de Chiguachí.

Durante la época de la colonización y años posteriores, se evangeliza a todo el pueblo indígena, se establece el primer resguardo en la zona y se inicia la construcción del Templo Parroquial en el año de 1601. Ya en los siglos XIX y XX se realiza la remodelación del templo y el rediseño del pueblo, construyéndose la Alcaldía, la Casa Cural, el Seminario Montfortiano, la Clínica, el Ancianato, el Colegio Departamental, escuelas, puentes y carreteras.