Su nombre hace referencia a los cerros que la circundan y a las serranías que se divisan al Este y que pertenecen al Parque Nacional Natural Chingaza, el cual abastece de agua a la ciudad de Bogotá.

En sus orígenes, Guasca fue un pueblo precolombino con asentamientos muiscas que pertenecían al territorio del Cacique de Guatavita, del cual era lugarteniente el Cacique de Guasca. Antes de la llegada de los españoles, los muiscas se encontraban en diferentes conflictos territoriales, uno de éstos se disputó en el valle de Guasca en 1538, año de la llegada de los españoles. En tal batalla se enfrentaron las fuerzas del Cacique de Guatavita y las de su subalterno el Cacique de Bacatá, después de la traición que hiciera éste último al tomar los pueblos de atrás de las montañas, entre ellos los actuales pueblos de Choachí, Pasca y Guachetá. Al finalizar los rituales de preparación para la guerra, se dan cita en el actual valle de Siecha (Correa, 2005).

La victoria la obtiene El Bacatá, quien obliga al Guatavita a refugiarse detrás de los cerros orientales de Guasca, en el actual municipio de Guachetá, y ordena a su ejército tomar su territorio. Este hecho es de gran importancia estratégica, pues el Guatavita era amigo del Zaque de Tunja y su territorio lindaba con las tierras de éste, tierras que Nemenqueteba, el Zipa, quería invadir y tomar. (Freide, 1960)

En el mes de junio de 1600, el oidor don Luis Enríquez  mandó a reunir a los indios de Guasca y Siecha. Nada indica que el municipio haya tenido algún acto de fundación; sin embargo, la primera población tenía como centro la Capilla de Siecha y, en 1778, fue trasladado a su ubicación actual.

La diosa Chía fue una de las principales divinidades de los muiscas, y fue en este municipio en donde se celebraban con mayor pasión sus fiestas. Aquí se encontraba un antiguo templo llamado La Cuca , el cual era una cueva usada como seminario para la formación de sacerdotes y del futuro Zipaque, proceso que podía durar hasta 7 años. Cuando el futuro gobernante ya había cumplido con su preparación, era llevado a la fuente sagrada de Tíquiza , sobre una serranía que se encuentra en los límites con Tabio. Era entonces cuando se le ungía solemnemente y le imponían las insignias reales, quedando consagrado como nuevo Cacique de Chía.

En 1923, en la Hacienda El Rincón , fue hallado un anfiteatro formado íntegramente por piedras lisas en las que podían distinguirse petroglifos indígenas, por lo que se le dio el nombre de Piedra de los Sacrificios. Muy cerca de allí, también se halló una laguna  subterránea que, según las interpretaciones de los historiadores, estaba representada de manera gráfica en las piedras del anfiteatro.

Desafortunadamente, con la llegada de los españoles y con ellos la de la iglesia católica y su misión de adoctrinamiento a mediados del siglo XVI, se impone en el municipio el régimen de la Encomienda y la evangelización, lo cual hizo que los indígenas perdieran sus tierras, sus creencias, costumbres e idioma. Toda su cultura fue desmantelada y escondida tras el velo del olvido y el peso de las catedrales.