El significado de su nombre tiene origen en un ritual que realizaban los Zipas en ésta la región y que consistía en lanzar gemidos y cantar himnos. Aunque aún no se ha podido establecer la fecha de fundación española de Nemocón, se puede asegurar que la presencia de los muiscas en el territorio viene de tiempos inmemoriales, debido a la presencia de minas de sal que caracteriza a esta región.

Los indígenas de esta zona estaban organizados en dos parcialidades: Nemocón y Tasgatá. Como era común en los primeros años de la conquista, después del despojo de las tierras indígenas estas se repartieron entre españoles prestantes y soldados destacados, lo que se conoció como las reducciones de indios (Quiroga, 2014). Así pues, a su llegada, el oidor Francisco de Riveros encontró que en la región vivían alrededor de 300 pobladores nativos, los unió y dio origen al actual casco urbano. Luego, los Tasgata fueron asignados a la Capitanía de Tausa por Joaquín de Arostequi.

Los españoles, en 1560, tomaron la decisión de cambiar la ubicación del pueblo y lo trasladaron a las cercanías del nacimiento del río Checua, en los cerros de Tausa.  Debido a la lejanía del lugar escogido y a la inundación del pueblo luego de una creciente de una quebrada cercana, el proyecto fracasó. Por esta razón, el pueblo fue trasladado nuevamente, esta vez al lugar donde se encuentra actualmente.

Luego, en 1779, los indígenas de Zipaquirá son agrupados al pueblo de Nemocón, dejando únicamente habitantes blancos, con el fin de apropiarse de la explotación de sal de este lugar (León, 2011).