Según Juan Rodríguez Freide (1960), en 1538, a la llegada de los españoles a la sabana, la laguna de Guatavita dio origen a la mundialmente conocida leyenda de “El Dorado”, la cual pisa los terrenos de lo real, lo mágico y lo religioso. La imagen de un cacique desnudo y cubierto en polvo de oro a la madrugada y con todo su pueblo haciendo ofrendas es una imagen bucólica que puso a soñar a muchos y atrajo a miles de aventureros y cazadores de tesoros. Tal fue la ambición, que, desde la Colonia, en diferentes ocasiones, se ha intentado drenar las aguas sagradas de la laguna en busca del tan preciado tesoro. Sin embargo, casi todas las empresas han fracasado debido a las pocas cantidades del metal recuperables (Ramirez, 1975),

Sin embargo, las heridas que sufrió el paisaje de la laguna son evidentes. En el costado noreste podemos encontrar un inmenso boquete que abrieron los españoles en épocas de la colonia, lo que logró el cometido de bajar el nivel del agua unos 18 metros. A pesar del gran esfuerzo para secar sus aguas y recuperar el oro y las piedras preciosas de su fondo, esta no pudo desocuparse por completo. El boquete, que aún persiste en el territorio, es la cicatriz eterna de un proceso de colonización que acabó con miles de vidas, enemistó pueblos y ultrajó territorios sagrados debido a los requerimientos de la sociedad europea y la avaricia y egoísmo de los conquistadores que visitaron la región en el siglo XVI.

El color verde esmeralda de sus aguas se debe a una comunidad de algas que habitan la laguna y que en verano debido al aumento en los procesos de fotosíntesis que hacen estos organismos, toma esta coloración que se mimetiza con la colorida vegetación que la rodea. Aunque se dice que el origen del cuerpo de agua es incierto, la verdad es que esta laguna es de origen glaciar como muchas otras que se encuentran en la región como las de Siecha y Buitrago entre otras.